В 50-е годы в связи с обострением международной обстановки руководством СССР было принято решение о приоритетном развитии ракетной техники.
19 июля 1955 года постановлением Совета Министров СССР «О выборе районов для старта изделий Р-7» планировалось строительство боевых стартовых станций для изделий Р-7, утверждены предложения Министерства обороны СССР о выборе районов Воркуты и Архангельска для строительства 2-3 боевых стартовых станций изделий Р-7, которые получили условные названия объекта «Волга» и «Ангара».
11 января 1957 года принято Постановление ЦК КПСС и Совета Министров о создании объекта «Ангара». Таким образом, недалеко от станции Плесецк началось строительство первого в СССР боевого соединения межконтинентальных баллистических ракет. Командиром части был назначен фронтовик, гвардии полковник Григорьев М.Г., 15 июля 1957 года он издает приказ № 1, в котором объявляет о вступлении в исполнение должности командира войсковой части. Впоследствии этот день стал днем формирования воинской части, который является днем образования Космодрома.
21 апреля 1958 года в соответствии с директивой заместителя Министра обороны СССР № ОРГ/32368Р войсковая часть 13991 переведена на новые штаты. В период с 17 на 18 июня 1958 года директивой маршала артиллерии Неделина Н.И. в городе Мирный создан 28 военный трибунал, который первоначально состоял из 2 судей и 1 служащего.
Днем образования Мирненского гарнизонного военного суда принято считать 18 июня 1958 года.
По происшествию года, 23 июля 1960 года, в соответствии с директивой Генерального штаба № ОРГ/9/612/56 и директивой главного штаба Ракетных войск № 867067 от 12 августа 1960 года, 28 военному трибуналу присвоено самостоятельное условное наименование - Военный трибунал при войсковой части 13991 – войсковая часть 54268.
Во исполнение директивы Генерального штаба № ОРГ/7/11/071 от 25 мая 1966 года и директивы главного штаба Ракетных войск № 327996 от 8 июня 1966 года военный трибунал гарнизона переведен на новый штат численностью 5 военнослужащих и 4 рабочих и служащих.
Спустя 5 лет, директивой Генерального штаба № 314/1/00/592 и директивой главного штаба Ракетных войск № 432/3/00992 от 27 ноября 1971 года присвоено общевойсковое наименование войсковым частям и учреждениям, в частности - 28 военный трибунал (войсковая часть 54268).
Через 27 лет, в 1998 году - 28-й военный трибунал (войсковая часть 54268) переименован в военный суд гарнизона Мирный.
9 декабря 1999 года Приказом Верховного Суда РФ № 435КД «О переименовании военных судов, установлении их количества и численности военных судей» военный суд гарнизона Мирный переименован в Мирненский гарнизонный военный суд.
29 июня 2009 года вступил в законную силу Федеральный Конституционный закон «О внесении изменений в ФКЗ «О военных судах Российской Федерации»» № 3-ФКЗ, в соответствии с которым судьи Мирненского гарнизонного военного суда были досрочно уволены с военной службы в связи с организационно-штатными мероприятиями на основании п.п. «а» п. 2 ст. 51 Федерального закона «О воинской обязанности и военной службе».
Согласно Федеральному закону от 29 декабря 2020 года № 466-ФЗ «О территориальной юрисдикции гарнизонных военных судов» и пп. «ж» п. 1 приказа председателя Северного флотского военного суда от 18 октября 2019 года № 61 «О территориальной подсудности» Мирненский гарнизонный военный суд с 21 октября 2019 года включен в состав судов, подведомственных Северному флотскому военному суду.
Мирненский гарнизонный военный суд рассматривает уголовные дела в отношении военнослужащих на территории закрытого административно-территориального образования город Мирный, Плесецкого, Няндомского, Каргопольского и Коношского районов Архангельской области.
